अपर सचिव (आरए) सीमा शुल्क अधिनियम, 1962 की धारा 129घघ और केंद्रीय उत्पाद शुल्क अधिनियम, 1944 की धारा 35डड के अनुसार केंद्र सरकार के पुनरीक्षण क्षेत्राधिकार का प्रयोग करते हैं। सीमा शुल्क अधिनियम, 1962 की धारा 129घघ में किए गए प्रावधानों के अनुसार, (i) सामान, (ii) प्रतीदाय और (iii) माल की अल्प उतराई से संबंधित मामलों में आयुक्त (अपील) के आदेशों को केंद्र सरकार के समक्ष संशोधन आवेदनों में चुनौती दी जा सकती है। इसी प्रकार, केन्द्रीय उत्पाद शुल्क अधिनियम, 1944 की धारा 35डड के अनुसार, आयुक्त (अपील) के आदेश, (i) निर्यातित माल पर भुगतान किए गए उत्पाद शुल्क की छूट, (ii) शुल्कों के भुगतान के बिना बाहर निर्यात किए गए माल और (iii) पारगोंदन या माल के प्रसंस्करण के दौरान माल की हानि, केन्द्र सरकार के पुनरीक्षण क्षेत्राधिकार के अधीन हैं। वर्ष 1994 में सेवा कर लागू होने के बाद, (i) निर्यात की गई सेवाओं पर भुगतान किए गए सेवा कर में छूट और (ii) सेवाओं के निर्यात में प्रयुक्त इनपुट सेवाओं/वस्तुओं पर भुगतान किए गए सेवा कर या शुल्क में छूट से संबंधित मामलों को भी वित्त अधिनियम, 1944 की धारा 83 तथा केन्द्रीय उत्पाद शुल्क अधिनियम, 1944 की धारा 35डड के आधार पर केन्द्र सरकार के पुनरीक्षण क्षेत्राधिकार में लाया गया।

अगस्त 2017 तक, केंद्र सरकार की पुनरीक्षण शक्तियों का प्रयोग नई दिल्ली स्थित एक संयुक्त सचिव द्वारा किया जाता था। हालाँकि, 2016-2017 में, कई उच्च न्यायालयों ने यह विचार व्यक्त किया कि एक संयुक्त सचिव, आयुक्त (अपील) द्वारा पारित आदेशों के विरुद्ध पुनरीक्षण आवेदनों पर निर्णय नहीं ले सकते, जो उसी रैंक के होते हैं। इसलिए, अगस्त, 2017 से संशोधन आवेदनों पर निर्णय अपर सचिव स्तर पर किया जा रहा है। इसके अलावा, बड़ी संख्या में लंबित मामलों को ध्यान में रखते हुए, सीबीआईसी से प्रधान आयुक्तों के दो पदों को हटाकर अपर सचिव स्तर के दो अधिकारियों को इस उद्देश्य के लिए प्रतिनियुक्त किया गया। अगस्त, 2022 तक, अपर सचिव (आरए), नई दिल्ली के पास केंद्र शासित प्रदेशों सहित उत्तर और पूर्वी राज्यों पर क्षेत्रीय अधिकार होता था, जबकि अपर सचिव (आरए), मुंबई के पास केंद्र शासित प्रदेशों सहित पश्चिमी और दक्षिणी राज्यों पर अधिकार होता था। हालाँकि, अगस्त 2022 से, दक्षिणी राज्यों और केंद्र शासित प्रदेशों का क्षेत्रीय अधिकार भी अपर सचिव (आरए), नई दिल्ली को सौंपा गया है।